Actuellement, l’Université fonctionne sur deux sites. Celui de Kisantu et celui de Mbanza-Ngungu où sont installés le Rectorat et l’Administration centrale.

A Kisantu, l’Université Kongo organise deux Facultés :

  1. La Faculté des Lettres et Sciences humaines avec deux départements, à partir de cette année : le Département de Communications sociales et le Département d’anglais et informatique des affaires.
  2. La Faculté de Médecine

A Mbanza-Ngungu, outre le Rectorat et l’Administration centrale, l’Université Kongo organise quatre Facultés :

  1. La Faculté d’Agronomie
  2. La Faculté de Droit
  3. La Faculté de Sciences économiques et de gestion
  4. La Faculté Polytechnique